மூலக்கூறு (Molecule) என்பது இரண்டு அல்லது அதற்கு மேற்பட்ட அணுக்கள் வேதிப் பிணைப்புகளால் ஒன்றாகப் பிணைக்கப்பட்டு மின்சுமை ஏதுமின்றி நடுநிலையுடன் காணப்படும் ஒரு தொகுதியாகும். மூலக்கூறுகள் மின்சுமையற்றவை என்பது மட்டுமே அயனிக்கும் மூலக்கூறுக்கும் உள்ள ஒரே வேறுபாடு ஆகும். இருப்பினும் குவாண்டம் இயற்பியல், கரிம வேதியியல், மற்றும் உயிர் வேதியியல் துறைகளில் மூலக்கூறு என்ற சொல் பெரும்பாலும் பல்லணு அயனி என்ற பொருளிலேயே பயன்படுத்தப்படுகிறது.

A molecule is a group of two or more atoms held together by attractive forces known as chemical bonds; depending on context, the term may or may not include ions which satisfy this criterion. In quantum physics, organic chemistry, and biochemistry, the distinction from ions is dropped and molecule is often used when referring to polyatomic ions.